Dérivation, créée par intervention chirurgicale, d'un viscère creux vers la peau ou d'un organe vers un autre, à un autre endroit que celui où l'organe de départ aboutit naturellement.
Une stomie peut être temporaire ou définitive, et peut notamment être pratiquée sur l'intestin grêle, le côlon, l'uretère, la trachée, l'estomac, etc.
Le terme stomie sert aussi de suffixe (-stomie), par exemple dans colostomie, qui désigne une dérivation du côlon vers la peau, gastrostomie, qui désigne une dérivation de l'estomac vers la peau, et pancréatico-entérostomie, qui désigne une dérivation du canal pancréatique vers l'intestin grêle.
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Seuls les abouchements chirurgicaux peuvent être désignés par le terme stomie, alors que les abouchements spontanés, souvent d'origine pathologique, sont appelés fistules.
Le terme stomie désigne également la réalisation chirurgicale de la dérivation.
Bien que certains ouvrages français donnent stomy comme équivalent de stomie, il s'agit plutôt d'un suffixe.